ควินัวมีสายพันธุ์อยู่ทั่วโลกมากกว่า 1,800 สายพันธุ์ โดยสายพันธุ์ที่เจริญเติบโตได้ดีและนิยมนำมาเพาะปลูกมีประมาณ 120 สายพันธุ์ สีของเมล็ดควินัวก็จะแตกต่างกันออกไปตามท้องที่ที่ทำการเพาะปลูก สีที่พบมีตั้งแต่ สีดำ สีเทา สีชมพู สีแดง สีเหลือง สีเขียว สีส้มและสีม่วง อย่างไรก็ตาม ควินัวที่เป็นที่นิยมมีแค่ 3 สีเท่านั้นคือ สีแดง สีดำและสีขาว เนื่องจากควินัวถูกใช้ในการประกอบอาหารอย่างยาวนานในสหรัฐอเมริกา และควินัว 3 สีที่กล่าวมานั้นสามารถพบได้ส่วนใหญ่ในภูมิภาคนี้ สีของควินัวที่แตกต่างกันเกิดจากการเคลือบของซาโปนินในเปลือกนอก หากมีสีเข้มจะมีสารต้านอนุมูลอิสระสูงกว่าและรสชาติมากกว่าด้วย เปรียบเสมือนข้าวขาวและข้าวกล้อง

1. ควินัวสีขาว
เมล็ดควินัวชนิดนี้จะมีสีขาวอ่อนๆคล้ายไข่มุก คนส่วนใหญ่ที่เพิ่งเริ่มรับประทานควินัว มักจะเริ่มรับประทานจากสีขาวก่อนย้ายไปสายพันธ์ที่มีสีเข้ม เนื่องจากสีขาวจะมีกลิ่นหอมอ่อนๆ รสชาติจะคล้ายข้าวขาวทั่วไป

2. ควินัวสีแดง
เมล็ดควินัวชนิดนี้จะมีสีแดงเข้ม แต่หากนำไปทำให้สุก สีจะจางลงเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาล แต่ข้อดีของควินัวสีแดงคือ เมื่อทำให้สุกรูปร่างของเมล็ดจะไม่เปลี่ยนไปจากเดิมมากนัก จึงนิยมใช้ใส่ในสลัด หรืออาหารที่ต้องการความสวยงามของเมล็ด

3. ควินัวสีดำ
ควินัวสีดำเป็นควินัวลูกผสมที่พัฒนาขึ้นโดยเกษตรกรในเทือกเขาโคโลราโด สามารถให้ผลผลิตสูงกว่าสายพันธุ์ปกติ สีของเมล็ดดิบจะสีม่วงเข้มเกือบดำแต่เมื่อทำให้สุกจะมีสีดำสนิท ข้อดีของควินัวสีดำคือ เมื่อสุกแล้วจะมีเนื้อที่แน่นและรสชาติที่แสนอร่อย อีกทั้งยังพบสารแอนโทไซยานินที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบและต้านอนุมูลอิสระ ที่ช่วยป้องกันโรคเรื้อรัง โรคหัวใจ โรคมะเร็ง และโรคเบาหวานอีกด้วย